Роздача наукового софта. Безкоштовно

    
Так вже вийшло, що до того, як стати фізиком, я хотів бути програмістом. Не склалося, але тяга писати програмки не пройшла. Як результат — за 15 років роботи в науці, було написано пристойну кількість різноманітного прикладного софта. Звичайно, велика частина була зовсім одноразовою, і мотивацією для її написання була фраза з мультика — «краще день втратити, потім за п'ять хвилин долетіти». Але деякі речі виявилися довготривалими, пішли «в народ», дещо навіть продається. Для продажу цього «дечого» навіть був створений сайт, орієнтований на «закордон», але це було зроблено більше заради експерименту, а не з метою заробити якісь реальні гроші, тим більше що софт здебільшого дуже специфічний, і попит на нього не великий. Але досить про комерції.
 
Я б хотів абсолютно безоплатно поділиться частиною своїх напрацювань (тим, що не дуже соромно показати) з хабрасообществом, в надії, що вони можуть виявитися корисними для молодих (і не дуже) учених, аспірантів і студентів, і хтось зможе використовувати їх у своїй роботі. Вашій увазі пропонується наступне (у порядку зростання специфічності):
 
     
  • SciRef — менеджер цитувань.
  •  
  • AFM Vision — зручна візуалізація даних атомно-силової мікроскопії.
  •  
  • Raman 2D — побудова карти розподілу інтенсивності раманівського випромінювання.
  •  
  • X-Ray Calc — симуляція рентгенівської дифракції тонких плівок.
  •  
Детальний опис можливостей, скріншоти (багато) і посилання — під катом.
 
 Менеджер цитувань SciRef
Це, мабуть, найменш специфічний софт зі згаданого вище, який може використовуватися не тільки фізиками, а й фахівцями з інших областей (біологія, хімія і т.д.). Бажання зробити свій велосипед виникла як результат незадоволеності наявним на той безкоштовними і не дуже додатками — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки їх. Але в одних випадках зупиняла ціна, в інших — недоліки інтерфейсу, в третьому — недолік або, навпаки, надлишок функцій. На той момент у мене вже був трирічний досвід розробки MyHomeLib, тому було вирішено написати такий менеджер, який би максимально влаштовував мене по ідеології і функціоналу. При цьому інтенсивно використовувалися інтерфейсні напрацювання з MyHomeLib? що істотно прискорило процес. Ось що вийшло в результаті:
 
 
Основні можливості:
 
     
  • Каталогізація посилань (включаючи не тільки бібліографічну інформацію, а й файли статей)
  •  
  • Підтримка самих ходових форматів обміну бібліографічною інформацією (RIS, ENW, NBIB)
  •  
  • Вбудований перегляд pdf і djwu
  •  
  • Інтеграція з MS Word
  •  
  • Гнучка настройка стилів для списку цитат
  •  
  • Багаторівнева угруповання статей
  •  
  • Локальний пошук по бібліографічним даними
  •  
  • Можливість легко створювати бекапи даних
  •  
Що б це не виглядало як витівки маркетологів, я просто опишу використання SciRef при підготовці статті.
І так, пункт перший: формування бази цитувань. Найбільш занудотна частина, яка найбільше лякає нових користувачів подібного софта. Звичайно, дані можна довго і нудно вводити руками, але на щастя, є простіший метод. Зараз у переважної більшості журналів можна скачати бібліографічний опис статей в одному зі згаданих вище форматів. Тому алгоритм заповнення бази виглядає таким чином: знаходимо потрібну статтю на Google Scholar, переходимо на сайт журналу, тиснемо «Download citation», відкриваємо скачаний. Ris файл в SciRef. Повторюємо для всіх потрібних статей. На цьому етапі має сенс створити в SciRef групу, і додавати свіжі посилання туди. Це дуже полегшує життя, коли кількість статей в базі перевалює за сотню. Так само на цьому етапі можна додати і текст стати. SciRef вміє як «пристібати» локальні файли, так і викачувати їх самостійно (залежно від видавництва і наявності у вас доступу).
 
Вкладка «Групи»:
 
  
 
 Пункт другий: Написання тексту статті і додавання в неї цитат. Тут все просто — пишемо текст в MS Word, в потрібний момент виділяємо посилання в SciRef, тиснемо кнопку «Додати до MS Word». Посилання вставляється як стандартний вордовскій об'єкт. Хинт: що б посилання в документі виглядала красиво (це так: [1]), потрібно в самому Word задати стиль посилань IEEE 2006. Потім пишемо далі, вставляємо посилання і так до кінця. При у ставці декількох посилань поспіль, вони виглядатимуть так [1] ​​[2] [3], нехай вас це не бентежить, виправимо це пізніше.
Перевага використання стандартних посилань Word полягає в тому, що він сам подбає про правильному порядку нумерації. Тобто якщо виникне необхідність поміняти місцями пару абзаців тексту, або додати посилання на початку — не потрібно турбується про правильну нумерації, все перебудується автоматично.
  
  
 Пункт третій: Додаємо список цитувань в документ. Тут теж все просто: переходимо на останню сторінку Word, потім повертаємося в SciRef. Вибираємо потрібний стиль залежно від цільового журналу, і просто тиснемо «Insert bibliography». При необхідності, формат списку можна гнучко налаштувати в менеджері стилів. Ось приклад списку для Nano Letters:
 
(1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014 , 14, 2536-2540.
 
Ну і, нарешті, Пункт третій: фінальна обробка. Перед самою відправкою статті в редакцію, потрібно перетворити вордовскіе об'єкти-посилання в текст, заодно об'єднати послідовності [1] [2] [3] в більш приємне редакторського ока [1-3]. Робиться цей однією командою — «Convert objects to text». Всі готова.
 
Це далеко не всі можливості SciRef, але самі основні. Останнє я постарався докладно викласти у вбудованій довідці.
 
Наостанок, важливе зауваження про «скільки це коштує». Програма поширюється як shareware з 60-денним триалом. Але: SciRef абсолютно безкоштовна для користувачів ex-USSR . Якщо у вас в системі російська чи українська локаль-просто користуйтеся і все. Якщо ні — напишіть мені в ЛС, я пришлю ключик.
 Пряме посилання. (8 mb)
 
Тепер, коротко, про решту.
 
 AFM Vision
 
Невелика утилітка для візуалізації даних атомно-силової мікроскопії (AFM) / Основне завдання — підготовка 2D і 3D зображень, які не соромно в ставити в статтю. Заточена під формати даних мікроскопів Seiko (. Iqt) і Park Systems (. Txt). Але, крім цього, підтримує імпорт з сірого bmp, що дозволяє завантажити будь-які дані. У цьому випадку потрібно буде тільки вказати мінімальний і максимальний рівень висоти.
Основна вкладка:
 
Можна поміняти рівні, трохи відфільтрувати, подивитися вертикальне і горизонтальне перетин (профіль) в будь-якому місці. Профілі можна зберегти в текстовому форматі або скопіювати в буфер.
Вкладка 3D:
 
Можна налаштувати палітру, масштаб, кути повороту (мишкою). Налаштування можна зберегти як профілю для повторного використання.
Приклади використання: раз і два .
 Пряме посилання
 
 Raman 2D
 
Нещодавно з'ясувалося, що крутейший раманівського спектрометр (LabRam Aramis) вміє знімати карту розподілу, але зовсім не вміє з нею працювати! Тобто воно просто зберігає спектр для кожної точки в окремий файл. І замість картинки 15 × 15 ми отримуємо 225 текстових файлів. Довелося терміново винаходити ще один велосипед. Ось що вийшло в результаті:
 
Працює просто — вказуємо папку з нашими даними, задаємо маску імені файлів, тиснемо «Start import», отримуємо карту. Можна вибрати тип даних — інтенсивність ліній (інтегральну або пікову), або співвідношення інтенсивностей (корисно для графена), побудувати карту зміщення ліній. Діапазони налаштовуються, так що можна використовувати і для інших елементів крім вуглецю. Приклад використання .
В архіві з програмою є дві папки з прикладами вихідних даних, для «погратися». Ніяка активація та інсталяція не потрібні, просто розпакуйте архів.
 Пряме посилання
 
 X-Ray Calc
 
Найбільш специфічна програма з представлених. І найулюбленіша, тому як розробляється вже 15 років (з перервами). Призначена для моделювання малокутової рентгенівської дифракції. Реалізовано метод рекурентних співвідношень (Barbee TW Opt. Eng. 1986, 25, 899-915). Найпростіше застосування — визначення товщини одношарових плівок за допомогою рентгенівської дифракції. Підтримує моделі будь-якої складності, як періодичні, так і апериодические, та їх комбінації. Всі ці роки інтенсивно використовується в Лабораторії рентгенівської оптики Харківського політеху.
 
Дозволяє одночасно відмальовувати необмежену кількість моделей і експериментальних кривих. Основна фішка — зручний ручний підбір параметрів теоретичної моделі під експериментальні дані.
 
Приклади використання: раз і два .
Умови розповсюдження — ті ж, що і у SciRef (тобто безкоштовно ) + обов'язкова посилання при публікації.
 Пряме посилання
 
 Post Scriptum
Сподіваюся, що щось з вище перерахованого виявиться корисним і я не дарма написав цю простирадло. Посилання на сам сайт не даю, щоб не було рекламою.
Так само прохання повідомляти про всі помічені з личку. Спасибі за увагу.
  
______________________
 
Текст підготовлений в Редакторі Блогів від © SoftCoder.ru
    
Джерело: Хабрахабр

0 коментарів

Тільки зареєстровані та авторизовані користувачі можуть залишати коментарі.